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Con gli Svevi il Castello di Santa Caterina fu dato in concessione a Palmerio Abate, che fu nominato governatore del Castello di Favignana. Durante la dominazione angioina ci fu nell'isola una violenta rivolta per protestare contro la forte pressione fiscale, che questa dominazione francese aveva instaurato, portando alla disperazione la popolazione. Secondo alcune fonti uno dei cospiratori, che indusse alla rivolta fu proprio Palmerio Abate, che sotto la sua guida, il dominio degli angioini fu sterminato. Dopo gli angioini fu la volta degli aragonesi e con il regno di Pietro I d'Aragona, i discendenti di Palmerio Abate furono nominati Signori di Favignana; per cui si può dedurre che per un certo periodo il Castello di Santa Caterina fosse tramandato per via ereditaria.
Sul finire del 1400 il Signore di Favignana Andrea Riccio fece ricostruire il Castello di Santa Caterina nella forma attuale che noi conosciamo con pietra di tufo ricavata nell'isola. Accanto al castello di S. Caterina c'è quello di S. Giacomo, che a partire dal XVII secolo fu utilizzato, come il S. Caterina, come carcere-fortezza per i numerosi prigionieri politici dell'epoca. Infatti durante il periodo borbonico, si attuò una feroce repressione e si narra che circa 32.000 persone furono rinchiuse nel Castello di Santa Caterina, patendo nel modo peggiore lo stato di detenzione.
Durante la rivolta del 1860, che portò all'Unità d'Italia, il Castello di Santa Caterina fu saccheggiato e devastato ed oggi vive nel più completo stato di abbandono.
Durante la seconda guerra mondiale fu requisito dalla Marina Militare.
Per visitare il Castello di Santa Caterina si può percorrere con vari mezzi (auto, bici o a piedi) la strada che conduce al colle di S. Caterina.
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