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La Chiesa Madre è stata costruita nel XIV secolo dal re Federico d'Aragona per scopi difensivi; infatti dall'alto della torre campanaria era possibile monitorare il territorio circostante e le pianure ai piedi del monte Erice.
Le forme originarie erano i stile gotico trecentesco con mosaici e affreschi decorativi.
Nel 1856 la Chiesa Madre venne restaurato o per meglio dire rifatto, per cui i mosaici e gli affreschi scomparvero, mentre della chiesa originale rimasero, le due file di colonne, la pianta a tre navate e le quattro cappelle laterali.
Appena si entra nella Chiesa Madre sulla destra troviamo una cappella, nella quale è riposta la statua della Madonna Assunta, alla quale la chiesa è dedicata. Altre opere degne di nota sono l'acquasantiera del XVI secolo dal valore estremamente prezioso; inoltre al centro dell'abside della Chiesa Madre si trova una Madonna col Bambino, mentre le nicchie e i bassorilievi che stanno attorno raffigurano le varie scene della vita di Cristo.
La città venera come patrona Maria Santissima, patrona e custode dell'agroericino, onorata sotto il titolo di Madonna di Custonaci, che viene festeggiata l'ultimo mercoledì di agosto. Una riproduzione del XIX secolo della Madonna è custodita nella Chiesa Madre, mentre l'originale è custodito e venerato nel santuario di Custonaci.
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